มีข้อถกเถียงที่ว่าเนยหรือมาร์การีน อย่างไหนดีต่อสุขภาพมากกว่ากัน ทั้งเนยและมาร์การีนมีปริมาณของไขมันเท่ากัน แต่เป็นไขมันต่างชนิดกัน เนยเป็นผลิตภัณฑ์ธรรมชาติมากกว่ามาร์การีน เพราะมาร์การีนใช้สีและสารปรุงแต่งเพื่อทําให้มีสีสวย ชวนรับประทาน นอกจากเนยและมาร์การีนจะมีปริมาณไขมันไม่ต่างกันแล้วยังให้พลังงานมากพอๆ กันด้วย (คือไขมันประมาณ ร้อยละ 81 และพลังงาน 714 กิโลแคลอรี่ ต่อ 100 กรัม) ผู้ผลิตมาร์การีนบางรายอาจลดปริมาณไขมันในผลิตภัณฑ์ลงเหลือ ร้อยละ 40 (352 กิโลแคลอรี่ ต่อ 100 กรัม) นักเคมีชาวฝรั่งเศสผู้หนึ่งได้คิดค้นและทํามาร์การีนขึ้นจากไขมันวัว และนมขาดมันเนย เพื่อใช้ทดแทนเนยที่มีราคาแพงกว่า เมื่อประมาณ ค.ศ. 1860 (พ.ศ.2403-2412) ปัจจุบันมาร์การีนเป็นผลิตภัณฑ์ที่ต้องผ่านกระบวน การผลิตที่ซับซ้อนและมีให้เลือกมากมาย การผลิตมาร์การีนอาจใช้น้ำมันพืชล้วนๆ หรือผสมไขมันสัตว์ หรือน้ำมันปลาด้วยก็ได้ นอกจากนี้ยังมีส่วนประกอบของน้ำ หางนม และสารป้องกันการแยกตัวของส่วนผสม (Emulsifier) เพื่อช่วยให้น้ำมันของเหลว ต่างๆ เกลือ สี และสารแต่งกลิ่นรวมเป็นเนื้อเดียวกัน ในหลายประเทศการผลิตมาร์การีนต้องมีการใส่วิตามินเอ และวิตามินดีเพิ่ม ซึ่งเป็นสารอาหารที่มีอยู่แล้วตามธรรมชาติในเนย วิตามินเอ ช่วยบํารุงสายตาและผิวพรรณ ทั้งยังเป็นสารต้านออกซิเดชั่น (ช่วยกําจัดอนุมูลอิสระอันเป็นสาเหตุของมะเร็ง) ส่วนวิตามินดี ช่วยในการดูดซึมแคลเซี่ยม ซึ่งจําเป็นต่อการเสริมสร้างให้กระดูกและ ฟันแข็งแรง ในการผลิตมาร์การีนน้ำมันเหลว (ส่วนผสมของมาร์การีน) จะกลายเป็นสภาพกึ่งแข็ง เมื่อนําไปผ่านกระบวนการทาง เคมีที่เรียกว่าไฮโดรจีเนชั่น (Hydrogenation) กระบวนการนี้จะทําให้น้ำมันข้นแข็ง ขณะเดียวกันก็เปลี่ยนโครงสร้างทางเคมีของน้ำมัน ทําให้กรดไขมันอิ่มตัวบางส่วนเปลี่ยนไปมีโครงสร้างแบบทรานส์ (Trans fatty acid) ซึ่งจัดเป็นไขมันอิ่มตัวชนิดที่มีผลเสีย ต่อสุขภาพอย่างเดียวกับกรดไขมันอิ่มตัว นอกจากนี้ยังมีรายงานวิจัยกรดไขมันชนิดทรานส์อาจสัมพันธ์กับการเกิดโรคหัวใจ

ผู้ผลิตบางรายปรับเปลี่ยนสูตรในการผลิตใหม่เพื่อลดไขมันชนิดทรานส์ในมาร์การีนลง มาร์การีนชนิดที่มีเนื้อนุ่ม และระบุ ฉลากว่า “ไขมันไม่อิ่มตัวหลายตําแหน่งสูง” (High in polyunsaturates) จะมีกรดไขมันอิ่มตัว และกรดไขมันชนิดทรานซ์น้อย กว่าเนย และมาร์การีนชนิดอื่นๆ รวมทั้งอุดมด้วยวิตามินอีอีกด้วย ผลการวิจัยในปัจจุบันบ่งชี้ว่าการบริโภคน้ำมันที่มีกรดไขมันไม่อิ่มตัวหลายตําแหน่งในปริมาณมากอาจทําให้บางคนเป็นโรคหืดได้ง่าย และยังมีรายงานว่าน้ำมันปลาอาจช่วยป้องกันโรคหืด

อย่างไรก็ตามการศึกษาเพื่อหาสาเหตุของโรคหืดยังดําเนินต่อไป และคงใช้เวลาอีกนานพอสมควรกว่าจะ ได้ค่าตอบที่ชัดเจน ไขมันสําหรับทาขนมชนิดพร่องมันเนย (Reduced-fat spreads) มีส่วนประกอบ หลักคือน้ำ เนยที่ตีจนขึ้นฟู หรือน้ำมันพืช ไขมันอิ่มตัวในเนยชนิดนี้จะมีสัดส่วนต่างกันไป ไขมันสําหรับ ทาขนมโดยทั่วไปมีไขมันประมาณร้อยละ 50 และให้พลังงาน 357 กิโลแคลอรี่ ต่อน้ำหนัก 100 กรัม ผู้ ที่มีระดับคอเรสเตอรอลในเลือดสูงมักพบว่าหลังจากเลิกทานเนย หรือมาร์การีน ไม่เพียงแต่คอเลสเตอรอล จะลดลง น้ำหนักตัวยังลดลงไปด้วย บางคนชอบกลิ่นและรสชาติของเนยมากแต่ไม่กล้าซื้อรับประทานเพราะ กลัวไขมันอิ่มตัวและคอเลสเตอรอลที่มีอยู่ในเนย นักโภชนาการเชื่อว่าตราบใดที่ไม่ได้บริโภคเนยมากเกินไป

และไม่ได้มีปัญหาคอเลสเตอรอลในเลือดสูงอยู่ก่อนแล้วก็สามารถกินได้ทั้งเนยและมาร์การีนแม้ว่าเนยจะมี ไขมันอิ่มตัวและคอเรสเตอรอลสูง แต่ผู้คนจากก็นิยมรับประทานมากกว่ามาร์การีน เนื่องจากเนยเป็นอาหาร ที่ทําธรรมชาติ แต่มาร์การีนต้องผ่านกระบวนการผลิตหลายขั้นตอนและมีสารปรุงแต่งอีกด้วย

เนยแข็ง (Cheese) เป็นอาหารที่มีคุณค่าทางโภชนาการ แต่ควรรับประทานให้พอดี เพราะเนยแข็งบางชนิดมีไขมันอิ่มตัวสูง ตัวอย่างเช่น เนยแข็งเชดดาร์มีไขมันอิ่มตัวมากกว่าสเต็กเนื้อสันนอกในปริมาณเท่ากันถึง 6 เท่า เนยแข็งอุดมไปด้วยโปรตีน แคลเซียม วิตามินบี 2 (โรโบเฟลวิน) และวิตามินบี 12 ซึ่งล้วนเป็น สารอาหารที่สําคัญต่อร่างกาย คนทั่วไปได้รับวิตามินบี 12 จากเนื้อสัตว์ แต่สําหรับชาวมังสวิรัติเนยแข็ง เป็นอาหารชนิดหนึ่งที่ช่วยชดเชยวิตามินชนิดนี้ได้ ธาตุแคลเซียมซึ่งพบมากในเนยแข็งอาจช่วยลดความเสี่ยง ต่อการเกิดโรคกระดูกพรุน มีผลวิจัยบ่งชี้ว่าถ้าหากร่างกายได้รับแคลเซียมในปริมาณมากตั้งแต่วัยเด็ก หรือวัยรุ่นจะช่วยป้องกันโรคกระดูกพรุนในวัยชราได้ ร่างกายสามารถดูดซึมแคลเซียมที่มีอยู่ในเนยแข็ง และผลิตภัณฑ์นมอื่นๆ ได้ดีกว่าแคลเซียมจากอาหารชนิดอื่น เราอาจไม่เชื่อว่าเนยแข็งป้องกันฟันผุได้ แต่ มีการทดสอบที่แสดงให้เห็ว่าการกินเนยแข็งเล็กน้อยหลังอาหารหรือแม้แต่เคี้ยวโดยไม่ต้องกลืนก็ป้องกันการเกิดกรดจาการกินของหวานซึ่งจะไปทําลายเคลือบฟันได้ เป็นที่ทราบกันแล้วว่าการบริโภคไขมันอิ่มตัว ในปริมาณมากจะทําให้ระดับคอเรสเตอรอลในเลือดเพิ่มสูงขึ้น ส่งผลให้เกิดภาวะผนังหลอดเลือดแดงแข็งตัว อันเป็นสาเหตุสําคัญประการหนึ่งของโรคหัวใจและโรคหลอดเลือดในสมองตีบตัน เนยแข็งแบ่งออกเป็น 2 ชนิดใหญ่ๆ คือ ชนิดความชื้นต่ำ (เนื้อแน่น) เช่น เชดดาร์ พาร์มีซาน และสติลตัน มีไขมันสูงถึงร้อยละ 35 เป็นต้น และชนิดความชื้นสูง (ชนิดเนื้ออ่อน) เช่น กามองแบร์ และบรี มีไขมันประมาณร้อยละ 26 เนยแข็งกอตตาและคอตเทจชีส มีไขมันน้อยที่สุดคือเพียงร้อยละ 11

และ 4 ตามลําดับ เนยแข็งมีส่วนประกอบของอะมีน (Amine) และ โมโนโซเดียมกลูตาเมต (สารประกอบผงชูรส) ต่างกันไปแต่ละชนิด แต่เนยแข็งยิ่งมีรสอร่อยเท่าไรจะทําให้มีโอกาสเกิดอาการแพ้มากขึ้น เท่านั้น เพราะแลกโตสส่วนใหญ่จะถูกขจัดออกไปแล้วในกระบวน การผลิต เนยแข็งชนิดเนื้อแน่นนั้นจะมีแลกโตสต่ําาหากรับประทาน เนยแข็งแล้วปวดศีรษะข้างเดียว เป็นไปได้ว่าน่าจะเกิดจากสารเคมี ชื่อไทรามีน (Tyramine) ที่มีอยู่ในเนยแข็ง สารนี้อาจเข้าไปทําให้ เกิดการเปลี่ยนแปลงในใยประสาทและหลอดเลือดสมอง ทําให้เรา รู้สึกปวดศีรษะ เนยแข็งชนิดที่มีไทรามีนค่อนข้างสูงได้แก่ บลูชีส (ชนิดบ่มด้วยเชื้อราที่เห็นเป็นสีน้ำเงินแทรกอยู่ในเนื้อเนยแข็ง) สติลตัน รวมทั้งเนยแข็งอื่นๆ ที่ผ่านการบ่ม ไม่ว่าจะเป็นเชสดาร์ กรูแยร์ และพาร์มีซานส่วนเนยแข็งที่ไม่ได้บ่ม เช่น ครีมชีสคอตเทจชีส รวมทั้งเนยแข็งสดที่ทําจากนมแพะจะไม่ค่อยทําให้เกิดการแพ้ดังกล่าว เนยแข็งส่วนใหญ่นั้นผลิตมาจากนมพาสเจอร์ไรส์ (Pasteurized milk) กระบวนการฆ่าเชื้อแบบพาสเจอร์ไรส์มิได้ ทําลายจุลินทรีย์ทั้งหมดที่มีอยู่ในนม แต่ทําลายเฉพาะชนิดที่เป็น อันตรายต่อร่างกายเท่านั้น ส่วนชนิดที่สร้างกรดแลกติก และเป็น ประโยชน์ยังคงเหลืออยู่ แต่ไม่ควรนํานมที่จะใช้ทําเนยแข็งนี้ไปฆ่าเชื้อ เพราะจะทําให้แคลเซียมในนมไม่สามารถละลายน้ำได้ แคลเซียม ที่ละลายน้ำเป็นสิ่งจําเป็นสําหรับเอนไซม์ชื่อเรนเนต (Rennet) ซึ่ง ได้จากกระเพาะวัวหรือการสังเคราะห์ขึ้นเพื่อทําให้โปรตีนตกตะกอนเป็นก้อนเนยแข็ง สตรีมีครรภ์ควรระมัดระวังในการรับประทานเนย แข็งชนิดเนื้ออ่อน เช่น บรี หรือ กามองแบร์ เพราะอาจเสี่ยงต่อการ ติดเชื้อลิสทีเรีย โมโนไซโทจีนิส (Listeria monocytogenese) ซึ่งเป็นอันตรายต่อทารกในครรภ์ได้